El municipio de Vega de San Mateo posee las mayores cotas de altitud de la isla (1.956 m.) , aportando al municipio principalmente un ambiente muy húmedo. Este ambiente también se caracteriza por sus grandes contrastes térmicos , siendo muy calurosos en verano, y en invierno con heladas nocturnas y precipitaciones en ocasiones en forma de nieve. Las precipitaciones oscilan entre los 1.000 mm. y los 600 m. de media anual
Cuenta con zonas de gran valor ecológico por la presencia de formaciones de bosquetes y relictos. El Lomo de las Pitas cuenta con un reducto muy interesantes de laurisilva secundaria , con predominio de laureles; igualmente el barranco de Antona posee un bosquete de laurisilva. En el Barranco de los Mireles, la Bodeguilla y el Madroñal cuenta con una amplia presencia de madroños
El marcado carácter cumbrero del municipio por alcanzar la mayor altitud de la isla hacen que se desarrollen formaciones de fayal-brezal, pinares, con matorral de escobones, retamas, codesos, etc. También se localizan importantes zonas con plantaciones de castaños. El desarrollo agrícola de la zona también ha aportado especies foráneas como son las Pitas y tuneras muy comunes y con un carácter muy agresivo. Las Vegas agrícolas de San Mateo aportan un gran valor paisajístico y están localizadas mayormente en las inmediaciones del Casco , así como en las cabeceras de los principales barrancos como Hoya del Gamonal, Camaretas, Cueva Grande, Las Lagunetas, etc.